본 연구소는 치의학 및 치의학적 치료의 이론과 응용에 관한 연구와 이의 발표와 보급을 통하여 한국 치의학 교육과 치의학적 치료의 발전에 기여하기 위해 설립되었다.

설립 당시에는 각 연구부를 중심으로 이론과 응용에 관한 연구를 수행하고, 새로운 약품 및 재료를 개발하며, 초임교수들을 위한 교수법과 학생 평가법에 대한연구와 교육, 교육매체의 제작과 개선에 대한 연구, 최신의 지식을 신속히 받아들이기 위한 세계적인 과학자의 초청 및 학술발표회의 개최, 선진국 과학자와의 공동 프로그램 개발 등을 적극 추진하고, 개업의의 평생교육에 대한 프로그램 개발과 교육에 참여함으로써 치의학 발전에 기여함을 목적으로 하였다.

그러나 1999년 치의학교육연수원이 설립되어 교육에 관련된 사항이 이관됨에 따라 연구소는 치의학의 기초 및 임상분야의 연구와 연구지원업무를 수행함으로써 국민의 구강보건향상에 기여한다.