서울대학교 치학연구소 전자현미경실은 전자현미경실 운영 규정, 운영 지침에 의거 다양한 전자현미경 연구를 진행하고 있다. 투과전자현미경과 주사전자현미경을 포함하여, 초박절편제작기(Ultra microtome) 및 탄소, 금, 오스뮴 증착기외 약 25종의 전자현미경 실험기기를 보유하고 있다. 본관 507호와 생체재료연구동 405-1호에 투과전자현미경실, 주사전자현미경실, 시료처리실, 초박절편제작실, 암실로 구성되어 있으며, 1991년부터 1명의 전자현미경 전담조교가 배정되어 관장하고 있다. 우리대학 교수와 대학원생의 연구뿐 아니라 전자현미경 이용을 원하는 외부연구자에게도 연구기회를 제공하여 많은 도움을 주고 있다.

현재 운용중인 투과전자현미경(Transmission electron microscope)은 1989년 OECF 교육차관으로 도입된 모델이 본관 507호에 설치되어 운용되고 있으며, 일반 전자현미경법 및 면역전자현미경법등 다양한 연구기법을 적용하여 활용되고 있다. 투과전자현미경용 디지털 카메라가 부착되어 운용되었으나, 낙후된 장비로 애로사항이 발생하였기에, 2012년 1월 도입되는 치의생명 및 재료과학 관련 고해상도의 디지털 카메라를 부착하여 보다 양질의 영상을 제공할 것이다.

주사전자현미경은 2003년 도입되어 생체재료연구동 405-1호에 설치되어 운용되고 있으며, 전계방사형 주사전자현미경(Field-emission scanning electron microscope)으로서, 일반 주사전자현미경보다 시료를 안정적으로 보호하고, 고해상도를 보장한다. 본 주사전자현미경에는 에너지 분산형 분석기(Energy dispersive X-ray spectroscopy)가 부착되어, 시료의 형태학적 분석뿐만 아니라, 표면분석정보도 제공하여 보다 심도있게 연구에 적용되고 있다.

1993년 도입된 초박절편기의 성능향상을 위해 2012년 새로운 초박절편기 도입이 확정되었으며, 2010년 2월에 도입된 이온증착기등 다양한 실험기기들을 이용하여, 치의학 및 치과재료학에 관련된 전자현미경적 연구를 지속적으로 지원하고 있다.

고재승 명예교수님과, 백기석 명예교수님께서 초기 전자현미경실장을 역임하시면서, 어려운 시기의 전자현미경실의 원활한 운영과 연구지원을 위해 많은 노력을 하셨고, 현재 전임 전자현미경실장이셨던 박주철 교수 이후, 김현만 교수가 전자현미경실장을 맡고 있다.